A kagylóvalak az élelmiszerlánc tetején vannak, nincsenek rendszeres ragadozóik, ami az egészséges felnőtteket vadászná. Azonban az orkák (kaszkavalak) vadásznak sérült, beteg vagy fiatal kagylóvalakra, főleg a szürke balenákra.
Az emberek jelentik a legnagyobb fenyegetést a vadászat, a véletlen fogás és az élőhelypusztítás révén. A paraziták is hatással lehetnek az egészségre. Bár nincsenek hagyományos ragadozóik, sebezhetők ezeknek a kockázatoknak.