A fenntartható mezőgazdaság több kihívással néz szembe:
- Magas kezdeti beruházás: gépek, infrastruktúra, képzés költségei terhelhetik a kisgazdákat.
- Növekvő munkaerő és menedzsment igény: a vetésforgó, integrált kártevő-menedzsment stb. gyakorlatok több szakértelem és időt igényelnek.
- Alacsonyabb hozam: a termelés csökkenhet, különösen az átmenet alatt a konvencionális módszerekről.
- Piaci verseny: a fenntartható termékek nehezen állnak a helyét az olcsóbb konvencionális áruk ellen.
- Korlátozott technológia: kevesebb kutatás-fejlesztés összpontosít a fenntartható módszerekre.
- Skálázási nehézségek: a nagy üzemekbe való átállás jelentős intézményi támogatást igényel.
- Hosszú távú hatás bizonytalansága: a talaj- és biodiverzitás-jóváhagyások éveket igényelnek a méréshez.
- Kompromisszumok: környezeti célok, gazdasági élhetőség és élelmiszer-termelés egyensúlya.
- Változó hozamok: a pénzügyi eredmények régiótól, piacoktól és gyakorlatoktól függenek.
- Tudáshiányok: speciális képzésre van szükség, ami erőforrás-igényes.