A Pantanal sokféle madárnak ad otthont, többek között:
* Jácint ara
* Skarlát ara
* Nagy kócsag
* Jabiru gólya
* Roseate kanalascsőrű
* Zöldszárnyú ara
* Toco tukán
* Brazíliai zsenge
* Fésűs kacsa
Emlősök
Sok különböző emlős található a Pantanalban, mint például:
* Óriás tatu
* Sörényes farkas
* Chacoan pekari
* Pampa szarvas
* Jaguár
* Ocelot
* Északi tigris macska
* Mocsári szarvas
* Capybara
Hüllők és kétéltűek
Különféle hüllők és kétéltűek is élnek a Pantanalban, többek között:
* Zöld anakonda
* Fekete kajmán
* Yacare kajmán
* Szemüveges kajmán
* Brazil óriásteknős
* Vörös lábú teknős
* Közönséges csattanó teknős
* Arany méregbéka
* Vörös szemű leveli béka
Hal
A Pantanal több mint 260 halfaj otthona, köztük:
* Vöröshasú piranha
* Fekete piranha
* Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Harcsa
* Characins
* Cichlidek