Az etnoökológiának van néhány hátránya:
- Hiányos vagy pontatlan információ: a szóbeli hagyományok idővel torzulhatnak vagy elveszhetnek.
- Kulturális érzékenység és kiaknázás: a kutatás megfelelő közösségi beleegyező vagy haszonmegosztás nélkül történhet.
- Korlátozott hatókör: bizonyos közösségek eredményei nem általánosíthatók más régiókra.
- Természeti védelmi kihívások: a felelőtlen gyakorlatok a növények túlfogatásához vezethetnek.
- Etikai megfontolások: a tájékozott beleegyezés, a szellemi tulajdon és a haszonmegosztás kérdéseit óvatosan kell kezelni.
Ezek a kihívások ellenére az etnoökológia értékes marad, ha etikusan és tiszteletben tartva közeledünk hozzá.