A fekete légyek ökológiai szerepet játszanak: a larváik részesednek a tápanyag-keringésben és a bomlásban, a felnőttek beporozóként szolgálnak. Emellett madarak, denverek, pókök és más rovarok táplálékaként is szolgálnak. Néhaj fajok betegeket továbbíthatnak (pl. folyóvakság), de a legtöbb fekete légy faj nem betegséghordozó.
Genetika, viselkedés, evolúció és ökológia tanulmányozásában modellszervezetként is használják őket.