1. édesvíz: Általában az édesvízi élőhelyekben, például tavakban, tavakban és folyókban találhatók. Tudnak virágzni mind az álló, mind az áramló víztestekben.
2. tengeri környezetek: Néhány chaonoflagellate a tengeri környezetben található, beleértve a parti vizeket és a nyílt óceánokat. Különböző mélységekben találhatók, a sekély part menti területektől a mély óceánvizekig.
3. talaj: Néhány chaonoflagellátfaj megtalálható a nedves talajban és a földi környezetben. Léphetnek a talaj pórusaiban és a szerves anyagban és a nedvességben gazdag mikrohabitákban.
4. Szimbiotikus kapcsolatok: Bizonyos chaonoflagellates szimbiotikus kapcsolatokat alakít ki más szervezetekkel. Például néhány faj él a tengeri gerinctelenekkel, például szivacsokkal vagy korallokkal együtt, ahol hozzájárulnak a gazdaszervezet tápanyagok megszerzéséhez és védelméhez.
5. Extrém környezetek: Néhány chaonoflagellate alkalmazkodott a szélsőséges környezetben való túléléshez, például forró rugók, savas vizek vagy magas sókoncentrációval rendelkező környezetben. Egyedi adaptációkat mutatnak, amelyek lehetővé teszik számukra, hogy ezekben a kihívásokkal teli körülmények között virágzhassanak.
Egy adott chaonoflagellate faj specifikus élőhely -preferenciája a fiziológiai alkalmazkodásaitól és az ökológiai követelményektől függ. Ezek az organizmusok különféle élőhelyeket foglalnak el, az édesvízi ökoszisztémáktól a tengeri környezetig és akár a földi körülmények között is.