A Fülöp-szigetek több veszélyeztetett kétéltű fajt is otthonulnak, beleértve:
- Fülöp-szigeti bukaj (Crocodylus mindorensis)
- Tengeri bukaj (C. porosus)
- Fülöp-szigeti kétéltű (Varanus olivaceus)
- Viszaya tekercses kétéltű (V. bitatawa)
- Fülöp-szigeti erdő teknős (Siebenrockiella leytensis)
- Zöld tengeri teknős (Chelonia mydas)
- Karim teknős (Eretmochelys imbricata)
- Oliv teknős (Lepidochelys olivacea)
- Dermokel teknős (Dermochelys coriacea)
- Fülöp-szigeti tető teknős (Kachuga mindorensis)