A kacsacsőrű elsődleges ragadozói a vízi krokodilok, a varanuszok (goannák), a vízi patkányok, a kígyók és a nagy bagolyok. Egyes területeken a rókák, a dingo-kutyák és a macskák is vadászhatnak rájuk, különösen ahol ezeket bevezették vagy a kacsacsőrű populáció alacsony.
Azokban a régiókban, ahol a kacsacsőrű koncentráció magasabb, mint Ausztrália keleti partja, a varanuszok, a vízi krokodilok és a nagy kígyók jelentik a legnagyobb fenyegetést.