1) Sejtszerkezet:
- Baktériumok: Procariota sejtek, nincsenek membránban határolt organellák és mag.
- Prosztisták: Eukariota sejtek, rendelkeznek membránban határolt organellákkal és igazi maggal.
2) Méret:
- Baktériumok: Általában 0,1–5 mikrométer (µm).
- Prosztisták: Nagyobbak, néhány mikrométertől milliméterig.
3) Genetikai anyag:
- Baktériumok: Egy kör alakú kromoszóma a nukleoid területen.
- Prosztisták: Több lineáris kromoszóma egyértelmű magban.
4) Mozgás (Lokomóció):
- Baktériumok: Néhánynak ízületei (flagella) vagy pili a mozgáshoz, mások nem mozognak.
- Prosztisták: Széleskörű mozgásmódok: ízületek, cília, pseudopódia.
5) Táplálkozás:
- Baktériumok: Diverz stratégiák: autotróf, heterotróf, parazita.
- Prosztisták: Elsősorban heterotróf (más organizmusok fogyasztása), de vannak autotróf vagy mixotróf (kombinálva) fajok is.