A pufferhalak a sekély trópusi élőhelyeket preferálják, homos és fűves tengeri alapokon, bár egyes fajok mérsékelt éghajlatban, ritkán édesvízen élnek. Nincsenek ismert pufferhal fajok, amelyek rendszeresen a nagy mélységű nyitott óceánt foglalnák el.