Az atlantisz tőke néhány módon védi magát:
* Masking: Ezüstös, pöttyös színezete segít beolvadni a környezetbe, nehezítve a ragadozók felfedezését.
* Csordaalkotás: A tőkék gyakran nagy csoportokat alkotnak, nehezítve a ragadozók egyedek kiválasztását. A halak számától meglepődve, megzavarodva lehetnek a támadók. * Sebesség: Bár nem a leggyorsabb hal, a tőke rövid ugrásban gyorsan úszhat, menekülve a veszély elől. * Védelmi viselkedés: Fenyegetés esetén a tőke éles fogait és erőteljes állkapocsát használhatja védelmére. Általában nem agresszívek, inkább a menekülést preferálják. * Nyálka: A bőrük nyálkát termel, ami ellenszenvesítheti a parazitákat és ragadozókat.Az atlantisz tőkék azonban nem különösen jól felszereltek a nagyobb ragadozók ellen, mint fókák, cápa, nagyobb halak. Elsődleges védelemük a rejtőzködés és a beolvadás a környezetbe.