Sós-parti szőrfű (Spartina alterniflora)
Gyakran előfordul az esztuáriumok középső óriásövi zónájában. Rendkívül sóterhelés-toleráns, specializált szövetekkel a felesleges só kivételére.
Mangróvak
Rhizophoraceae, Avicenniaceae és Combretaceae családokból származó különböző fajok trópusi és szubtrópusi esztuáriumokban nőnek, ahol a sósodás és a hőmérséklet magas. Lélegző gyökereik stabilizálják az üledéket és segítik az oxigén felszívását.
Fitoplankton
Mikroalgák, beleértve a diatomeákat, dinoflagellátokat és cianobaktériumokat, szabadon úsznak a vízosztályban, és a napfényt fotoszintézisre használják. Jelentősen hozzájárulnak az esztuáriumok elsődleges termeléséhez, különösen a felső vízosztályban.
Együttesen ezek az autotrofok alkotják az esztuárium éthalózatának alapját, a napenergiát olyan élelmissé alakítva, ami az állatélet széles skáláját támasztja.