Sok mikroszkopikus állat eszi a fitoplankton, összefoglalóan zooplanktonnak hívják őket. Néhány példa:
- Kopépodák: apró rakkók, amelyek sok nagyobb állat fő táplálékforrása.
- Kerekszájúak (Rotiferák): kis, kerekszájú alakú állatok cíliakkal, amikkel mozognak és fogják az ételt.
- Vízibolhák (Cladocerák): kis rakkók, amelyek testüket egy karapax (hopper) öleli.
- Foraminiferák: egysejtű organizmusok, kalszium-karbonát köpennyel.
- Radioláriák: egysejtű organizmusok, szilíciumból álló vázzal.
A konkrét zooplankton-típus, ami dominál egy adott ökoszisztémában, a vízhőmérséklet, a sózsúrtartalom és a tápanyag-rendelkezés tényezőitől függ.