Fő ok: a halak jelenléte
A magas ammónia szint fő oka az akváriumban a halak jelenléte. Amikor beülteti a halakat és elkezdi etetni őket, intézkedéseket kell tenni az ammónia szint alacsony tartására. A magas ammónia szint halálos a halak számára, de mire a kissé emelt ammónia is káros. A nem halályos ammónia felhalmozódás növeli a betegekhez való hajlamot, rövidíti az élettartamot, és csökkenti a színezést.
Eltúlzsúfoltság és túletetés
Az ammónia a vízen felhalmozódik, amikor nitrogéntartalmú anyagok bomlanak. Az édesvizes halakváriumban a két fő nitrogénforrás a halak kiválasztott hulladékanyagai és az elfogyasztatlan étel. Mindkettő bomlási terméke az ammónia. Emellett a túl sok elfogyasztatlan étel kellemetlen, homályos vizet eredményez.
Hiány a jókedvű baktériumokból
Egyes baktériumok az ammóniát étrendjének alapjaként használják. A Nitrosomonas nemzetségű baktériumok fogyasztják az ammóniát, és gyakoriak az akváriumokban. Ezek a baktériumok azonban nitriteket termelnek. Egy második baktériumcsalád, a Nitrobacter nemzetség alakítja át a nitriteket nitrátokká. Mind a nitritek, mind a nitrátok nagy koncentrációban károsak a halaknak, de kevésbé, mint az ammónia. Ha az akváriuma hiányzik a Nitrosomonas vagy Nitrobacter baktériumokból, az ammónia szint gyorsan emelkedhet. A helyes baktériumi szinteket jó oxigénellátással (pl. levegőkövek, vízi szűrés) vagy a boltból vett baktériumokkal ösztönözheti. Jó baktériumokat vihet be a tankba egy kis kavics átadásával egy teljesen bevált, betegségmentes akváriumból.
Kevés növény
Bár a nitrátok kevésbé halályosak az ammóniánál, a magas nitrát szint is károsítja a halakat. A növények azonban a nitrátokat műtrágyaként használják. Az akváriumban lévő vízinövények nemcsak a nitrátokat felszívják, hanem a halak által lehengedett szén-dioxidot is újra oxigénné alakítják. Ez mind a halaknak, mind a baktériumoknak haszon.
Túl ritka vízcsere
Egy másik kulcseszköz a nitrátok és ammónia eltávolítására, hogy kivonunk egy részét a vízből, és pótoljuk. Gregory Skomal, a "Freshwater Aquarium: Your Happy Healthy Pet" szerzője szerint, heti 10-20%-os vízcsere javasolt a tank térfogatából. Egy kis 5 gallonos (19 liter) tanknál, ami kb. 15,5x10,5x14,5 col (39x27x37 cm), a 10%-os vízcsere fél gallon (kb. 2 liter) vagy 8 pohár vízcserét jelent. A vízcsere eltávolítja a halféreg hulladékot és az elfogyasztatlan ételt, és pótolja a halak, növények és baktériumok által felhasznált ásványi anyagokat. Sok állatkereskedés speciális szivattyúkat forgalmaz a vízcsere megkönnyítésére, mint kézi szivattyús szifonok vagy extra hosszú szifonok, amik a mosdóba vezetik a vizet.