Tengelyi gerinc
Koponya: A fekete lábú hörcsögnek viszonylag kicsi, elhúzódott koponyája van, széles rostrommal és kifejezett sagittális gerincsel.
Alsó állkapocs: Az alsó állkapocs robusztus, kiemelt szögfolyammal.
Gerincsejtek: A gerincoszlop 7 nyaki, 13 mellkas, 6 lendületi, 4 keresztbe és 19-20 farok gerincsejtből áll.
Bordák: 13 bordapár van, az első 8 pár közvetlenül a mellkascsontra csatlakozik.
Mellkascsont: A mellkascsont elhúzódott és szűk.
Végtag-gerinc
Elülső végtagok: Az elülső végtagok viszonylag rövidek és robusztusak, minden manó 5 ujjal.
Hátsó végtagok: A hátsó végtagok hosszabbak az elülsőkhöz képest, és ezeknek is 5 ujjuk van minden manón.
Végtag-csontok: A végtag-gerinc tartalmazza az ümercsontot, a speakot, az ellecsontot, a combcsontot, a greatcsontot és a kicsicsontot.
Lábak: A lábak viszonylag szélesek és félbehúzható körmekkel rendelkeznek.
Összességében a fekete lábú hörcsög gerincszerkezete a kicsi méretére és a specializált ásóviselkedésre van alkalmazkodva.