A tudósok több bizonyítékforrást használnak az állatok fylogenetikus fájának felépítéséhez:
1. Összehasonlító morfológia: Anatómiai jellemzők és testtervek összehasonlítása.
2. Paleontológia: Fosszilis rekorszok mutatók az evolúciós történetet.
3. Molekuláris biológia és genetika: DNS-szekvenciálás, fehérje-szekvenciák, molekuláris óra.
4. Fejlődésbiológia: Összehasonlító embryológia közös fejlődési minták mutatására.
5. Viselkedési és ökológiai tulajdonságok: Megosztott viselkedések és élhely-alakítások.
6. Biogeográfiai adatok: Földrajzi elterjedési minták.
7. Citogenetika: Kromoszomaszámok és szerkezetek.
8. Hibridizáció és szaporodási kompatibilitás: Épességű utódok termelési képessége.
9. Paleogenomika: Ősi DNS elemzés kipusztult fajokból.
A több bizonyítékfajta kombinálása növeli a pontosságot, módszerek: maximum parsimony, maximum likelihood, Bayesian inference.