* élőhelyvesztés: A kis kék pingvin élőhely megsemmisítése komoly veszélyt jelent a fajra. Ezt különféle tényezők okozhatják, beleértve a part menti fejlődést, a szennyezést és az éghajlatváltozást.
* betegség: A kis kék pingvinek számos betegségre, köztük a madár kolera, aspergillosis és a kokcidiosisra hajlamosak.
* Emberi interferencia: A kis kék pingvinek zavarhatják az emberi tevékenységeket, például a csónakázást, a horgászást és az úszást. Ez stresszhez, sérüléshez és akár halálhoz is vezethet.