Rétegek
A vízben lévő ökoszisztéma rétegei: az aljzat anyaga (homok, kövek, iszap), a víz önmaga (édesvíz/sós, álló/folyó), a levegő a víz felett (oxigénbevitel, kémiai anyák feloldódása, vízminőség hatása).
Mikroorganizmusok
Nagyon kis életformák, csak nagy csoportban láthatók (algák, gombák). Léteznek nagy számban minden rétegben. Habár betegségeket okozhatnak (pl. dysenteria), az ökoszisztémában kulcsfontosságúak: bomlás és újrahasznosítás, szennyező anyagok eltávolítása. Ha egy hal meghal, a mikroorganizmusok bomlásával nem mergezik meg a vizet. Kikötik a nitrogént is a környezet szabályozásához.
Makroorganizmusok
A vízi ökoszisztémában látható nagyobb organizmusok: növények és állatok. A növények kulcsfontosságúak az oxigénellátásban és élőhely biztosításban. Az állatok mérete és típusa változó: rakoktól bivalyokig. Mint más élőhelyeken, itt is van ragadozó-vad viszony, természetes élelánc: plankton eszi a mikroorganizmusokat, halak a planktont, fókák a halakat, cápa a halakat. Ez az lánc szabályozza a populációkat.