A jáva ökörszőrű lehetséges természeti ragadozói: tigrisok, lepárdnák, krokodilok, medvék, hiénák. Azonban az emberi fenyegetések messze jelentősebbek. A jáva ökörszőrűket húsukért, bőrükért és szarvukért vadásznak, amit a hagyományos gyógyászat használ. Az élőhely elvesztése az erdőirtás, mezőgazdaság és fejlesztés miatt elvonja a trópusi esőerdő otthonukat. A szarvukért való vadászat, amit a fekete piacon értékesítenek, kritikus veszélyt jelent. A jáva ökörszőrű a világ legveszélyeztetettebb fajainak egyike, a vadonban csak kb. 67 egyedet becsülnek.