Élőhelyelvesztés
Az indigo kigyók elsősorban a déli amerikai borzfenyves, keményfa-laposok és homokdombok élnek. Az emberi fejlődés és mezőgazdaság csökkentette az elérhető élőhelyüket.
Vadászat és üldözés
Mert veszélyesnek vagy kártevőnek tartják, megölik őket, történelmileg húsuk és bőrükért is vadásztak.
Úti halálozás
Gyakran áldozatai lesznek az autóknek, amikor áthaladnak az úton, főleg hosszú, egyenes utak mentén az élőhelyükben.
Rágcsálóelvesztés
Fő ételforrásaik, mint a patkányok és egerek, ritkábbá válnak a növekvő emberi populáció miatt.
Betegségek
Légúti fertőzések, bőrbetegségek, belső paraziták gyengíthetik vagy megölhetik őket.
Éghajlatváltozás
Az emelkedő tengerszint fenyegeti a partvidéki élőhelyeket, a hosszabb, melegebb nyarak aszályt és hőstresszt okoznak.