A császárpingvinek több fenyegetéssel szembesülnek, amelyek kipusztulás kockázatba teszik őket:
Élőhelyelvesztés
A tengeri jég olvadása a klímaváltozás miatt gyorsan csökkenti a császárpingvinek szaporodási tereit és vadászterületeit.
Tojás és kölyök elhullás
A vékonyodó jég növeli a tojások és kölykök tömörödésének vagy elárasztásának kockázatát.
Préda-eloszlás
A klímaváltozás hatással van a kicsi, garnélarhoz hasonló krill bőségére, a császárpingvinek és prédáik kulcsfontosságú ételforrására, csökkentve azok elérhetőségét a pingvinek számára.
Halászat és más emberi tevékenységek
Az emberek zavarhatják a pingvin-kolóniákat halászattal, turizmussal és tudományos kutatással, különösen az érzékeny szaporodási és fészkelési időszakokban.
Műanyag-szennyezés
A császárpingvinek felfoghatják a tengeri műanyag-hulladékot ételkeresés közben, egészségügyi problémákhoz és túlélés csökkenéséhez vezetve.
Betegségek és parazita-járványok
A klímaváltozás megváltoztathatja az ökoszisztéma dinamikáját, és új betegségekre vagy parazitákra teheti szorítóan a császárpingvineket, amelyekhez nincsenek alkalmazkodva, populáció-csökkenést okozva.
Verseny más fajokkal
A jégvesztés és a változó ökoszisztémák miatt a császárpingvinek nagyobb versenyt tapasztalhatnak az ételért és a szaporodási tereket más fajokkal szemben, ami tovább fokozza a fenyegetéseiket.