Nehéz megmondani a pontos margay létszámot, mert rejtőzködőek és távoli területeken élnek. Az IUCN (Nemzetközi Természetvédelmi Unió) szerint „közel a veszélyeztetettségi határhoz” (Near Threatened) tartoznak, élőhely elvesztése és vadászat miatt.
A populáció csökkenő tendenciát mutat, és feltételezik, hogy kevesebb mint 10 000 kifejlett egyed él még a vadonban.