Két alfaj létezik azonban:
* Hippopotamus Amphibius Amphibius: Ez a jelölt alfaj, és a víziló-szubszaharai Afrikában a legtöbb víziló-tartományban megtalálható.
* Hippopotamus Amphibius Kiboko: Ez az alfaj a faj tartományának nyugati részén található, elsősorban Nyugat -Afrikában.
Fontos megjegyezni, hogy ez a két alfaj nagyon hasonló, és a különbségek közöttük finom. Néhányan azt állítják, hogy egyáltalán nem különálló alfaj, hanem inkább egyetlen fajon belüli populációk.
Van még egy pygmy víziló (choeropsis liberiensis) , amely egy külön faj teljesen és sokkal kisebb, mint a közönséges víziló. Ezek megtalálhatók Libéria és Sierra Leone erdőiben.
Tehát, bár a víziló különböző populációi és alfajai léteznek, a víziló csak egy igazi faja létezik: Hippopotamus Amphibius.