Borneó nem élőlényei a következők:
- Kők és ásványok: ősi skiszt és gneisz, plusz szén, arany, réz és gyémánt.
- Barlangok: kiterjedett mészkő rendszerek, mint a Mulu-barlangok, a Sarawak-terem otthona.
- Strände és homok: partvonalak a Dél-kínai-tenger, Szulu-tenger és Celebes-tenger mentén, változó homoktípusokkal.
- Talaj: változatos talajok, savas töméstalp talajoktól a termékenyz vulkáni talajokig.
- Víztestek: tengerek, korallzátonyok, mangróvok, és folyók, mint a Kapuas és Rajang.