A Bahama-szigetek sok veszélyeztetett faj otthona, beleértve:
- Bahama fecske: Kis, éles színezetű madár, kizárólag a Bahamákon, fenyegetve élőhely-elvesztés és illegális csapdázás által.
- Abaco papagáj: Az Abaco-szigetek endémikus, fenyegetve élőhely-elvesztés és furtolás által.
- Bahama sülye: Édesvíz teknős, kizárólag a Bahamákon, fenyegetve élőhely-elvesztés, vadászat és beoltott fajok által.
- Inagua dzsungel: Csak a Nagy Inagua-szigeten, fenyegetve élőhely-elvesztés, vadászat és beoltott fajok által.
- Exuma Bank Nassau mérou: Csak az Exuma Bankon, fenyegetve túlhalászat és élőhely-elvesztés által.
A bahamai kormány védett területekkel, vadászati szabályozással és nemzetközi szervezetekkel (mint az IUCN) való együttműködéssel dolgozik a fajok védelmére.