A sómedencék kissé eltérően működnek, mint a hagyományos klórmedencék. Mindkettő klór segítségével fertőtlenítik, de a sómedencében lévő klór előállítódik, amikor a sót vízben oldják, ahelyett, hogy közvetlenül a medencébe adnák, mint egy klórmedencében.
A hagyományos klórmedencéknek általában klórszintje 1-3 ppm (millió alkatrész), míg a sómedencék általában 1-3 500 ppm klórszintje. Noha a sós víz klórszintje magasabb, maga a klór kevésbé kemény a sós vízmedencékben, mint a klórmedencékben. A sós vízrendszer hipoklór savnak nevezett klór formát generál, amely kevésbé reaktív és lassabban eloszlik, mint a klór, mint a hagyományos klórmedencékben. Ez a lassabb eloszlás azt jelenti, hogy a sómedence nem igényel további klórot olyan gyakran, és a medence körüli növények kevésbé vannak kitéve a magas klórszintnek.