Főcsoport (Phylum)
A lepkehalak a Chordata főcsoportba tartoznak, ami az összes gerincest (és néhány gerinctelent) magában foglal. E főcsoport tagjainak valamilyen ponton a fejlődésükben kell legyen egy rúd, ami a test Großphát hossza mentén nyúlik.
Osztály (Class)
Az Actinopterygii osztályt "sugaras úszólábú halaként" jellemezzik. Ezek az úszólábok bőrháló, amik csontosugarak ("sugarak") támogatják, szemben a Sarcopterygii "csontos halak" húsos, lapos úszólábjaival. A sugarak közvetlenül a gerinchez csatlakoznak.
Rend (Order)
A lepkehalak a Perciformes rendbe tartoznak, vagyis "sügérszerű halak". A Perciformes-eknek sugarak vannak a hát- és hasúszóláb elején, a hasúszólábuk egy sugar és öt sugarból áll, van húsvuk, és oldalszági idegrendszerük van a test mentén.
Család (Family)
A Chaetodontidae családba tartoznak a lepkehalak, zászlóhalak és korallhalak. Főleg az Atlanti, Indiai és Csendes-óceáni riffeken találhatók. A nevüket a görög chaite ("haj") és odontos ("fog") szavakból kapta, ami a kis, kinyújtott szájukban lévő kefészerű fogsorokra utal.
Nemzetség (Genus)
Sok nemzetség létezik a Chaetodontidae családban, amiket közösen "lepkehalaknak" neveznek. Ebből a Chaetodon nemzetségbe tartozó halak mind lepkehalak, de vannak halak, amiket lepkehalaknak neveznek, de a Hemitaurichthys, Heniochus, Forcipiger, Chelmon, Chelmonops, Johnrandallia, Prognathodes, Coradion és Amphichaetodon nemzetségekbe tartoznak.