A komódó sárkányok elsődleges ellenségei:
Emberek
Bár az emberek nem vadásznak aktívan komódó sárkányokra, az emberi tevékenységek, mint az élőhelyelvesztés, vadászat és furtászat jelentősebb fenyegetést jelentenek.
Más komódók
A komódó sárkányok kannibalisztikus viselkedésre ismertek, a nagyobbak gyakran megevnek kisebbeket.
Ragadozó madarak
Az újonnan kikeltek (fiókák) áldozatai lehetnek a nagy ragadozó madaraknak, mint a sasok és vulturok.
Betegségek
Minden organismushoz hasonlóan a komódó sárkányok is áldozata lehetnek betegségeknek és fertőzéseknek.
A komódó sárkányok általánosan dominálnak az ökoszisztémájuk csúcsragadozói pozíciójában a hatalmassá fogásuk, éles körmeik, mérgező harapásuk és méretük miatt.