Fitoplankton: Az algavirágzás gyakran bizonyos fitoplanktonfajok gyors növekedésével jár, amelyek mikroszkopikus méretű algák, amelyek a vízi környezetben a tápláléklánc alapját képezik. Míg egyes fitoplanktonok hasznosak a zooplankton táplálékforrásaként, a túlzott növekedés az ökoszisztéma egyensúlyának felborulásához vezethet.
Zooplankton: A zooplankton kisméretű állatok, amelyek fitoplanktonnal táplálkoznak. Az algavirágzások során a fitoplankton mennyiségének hirtelen növekedése a zooplankton populációk gyors növekedéséhez vezethet. Azonban, ahogy az algavirágzás csökken, a zooplankton élelemhiánnyal nézhet szembe, ami a populáció csökkenéséhez és a magasabb trofikus szintekhez való élelmiszer-elérhetőség csökkenéséhez vezethet.
Hal: A halak elsődleges táplálékforrásként a zooplanktonra támaszkodnak. Amikor a zooplankton populáció az algavirágzás következményei miatt csökken, a halak élelmiszer-elérhetőségének csökkenésével szembesülhetnek. Ez hatással lehet növekedésükre, szaporodásukra és általános egészségi állapotukra, ami potenciális halpopuláció-csökkenéshez vezethet.
Bentikus élőlények: Bentikus élőlények a tó alján vagy annak közelében élnek. Az algavirágzás sűrű szőnyegeket hozhat létre a víz felszínén, megakadályozva a napfény elérését a bentikus zónában. Ez a csökkent fényellátottság negatívan befolyásolhatja a bentikus növények fotoszintézisét és növekedését, amelyek táplálékként és élőhelyként szolgálnak különféle szervezetek számára.
Oldott oxigén kimerülése: Az algavirágzás során az algák túlzott növekedése nagy mennyiségű oxigént fogyaszt a fotoszintézis során. Ahogy az algák elpusztulnak és lebomlanak, szerves anyagokat bocsátanak ki a vízbe, tovább növelve a lebontók oxigénfogyasztását. Ez a folyamat oxigénhiányhoz vezethet, hipoxiás körülményeket teremtve, amelyek stresszt okoznak vagy elpusztítják a vízi szervezeteket.
pH- és szén-dioxid-ingadozások: Az algavirágzás megváltoztathatja a víz pH-értékét és szén-dioxid-szintjét. A nap folyamán az algák intenzív fotoszintézise növelheti a pH-t és csökkentheti a szén-dioxid szintjét. Ezzel szemben éjszaka, amikor a fotoszintézis leáll, az algák lélegeznek és szén-dioxidot szabadítanak fel, ami csökkenti a pH-t és növeli a szén-dioxid szintjét. Ezek az ingadozások megzavarhatják más vízi szervezetek légzési és anyagcsere-folyamatait.
Toxinok és allelopátia: Egyes algavirágzások során káros algafajok szaporodnak, amelyek méreganyagokat termelnek. Ezek a toxinok felhalmozódhatnak a vízben, és hatással lehetnek különféle szervezetekre, beleértve a halakat, a zooplanktont és más vízi élőlényeket. Ezenkívül bizonyos algák allelopátiás anyagokat bocsáthatnak ki, amelyek gátolják más szervezetek növekedését vagy túlélését, tovább rontva az ökoszisztémát.
Összességében az algavirágzás felboríthatja a tó ökoszisztémáinak kényes egyensúlyát azáltal, hogy megváltoztatja a táplálékhálózatot, oxigénhiányt okoz, méreganyagokat juttat be, és befolyásolja a különféle vízi szervezetek általános egészségi állapotát és túlélését.