* ragadozók: A bálnacápáknak kevés ragadozója van, de néha gyilkos bálnák, nagy fehér cápák és tigriscápák.
* betegség: A bálnacápák különféle betegségekben szenvedhetnek, ideértve a bakteriális fertőzéseket, a vírusfertőzéseket és a parazita fertőzéseket.
* élőhelyvesztés: A bálnacápák egészséges korallzátonyokra és más tengeri élőhelyekre támaszkodnak, hogy túléljék. Ezeket az élőhelyeket azonban egyre inkább fenyegeti az emberi tevékenységek, például a szennyezés, a part menti fejlődés és az éghajlatváltozás.