Bár a bálna cápák kipusztulása mély ökológiai hatásokkal járhat, valószínűleg nem fog közvetlenül az embereket bármilyen jelentős módon érinteni. A bálna cápák elsősorban planktonon és kis halakon táplálkoznak, és nem interakcióba lépnek aktívan az emberekkel. Fő ökológiai szerepük a tengeri biodiverzitás fenntartása és a tápanyag-ciklusban való részvétel az óceánban.
A bálna cápák kipusztulásának lehetséges következményei magukban foglalják a tengeri ökoszisztémák megzavarását, amelyek a jelenlétükre támaszkodnak a tápanyag-szállításban és a trófikus élelmiszerhálózatok fenntartásában. Ezek a zavarások hatással lehetnek más tengeri fajokra, beleértve az emberi fogyasztásra fogottakat, de az emberi halászatra gyakorolt hatás valószínűleg közvetett, és nem olyan drámaiak, mint a túlfogás, a klímaváltozás és az élőhelyek rombolása okozta.
Végső soron a bálna cápák minimális közvetlen jelentőséggel rendelkeznek az emberi élethez képest más fenyegetett fajokkal, amelyek élelmiszert biztosítanak, támogatják az ökoszisztéma-szolgáltatásokat, sőt tudományos és orvosi betekintést is nyújtanak.