Az morfológiai fajkoncepciónek több korlátja is van. Egy nagyobb hátránya, hogy nem alkalmazható az alkatrészek nélkül szaporodó organizmusokra. Mivel az asekuális organizmusoknak nincsenek külön nemek és a szexuális fajokat elválasztó szaporodási akadályok, nehéz lehet meghatározni, mi számít fajnak. Ennélfogva az morfológiai fajkoncepció nem mindig hasznos az asekuális organizmusok osztályozására.