Több ok is vezetett a kaliforniai kondor populáció drasztikus csökkenéséhez, következtében csak körülbelül 200 egyed maradt a vadon:
1. Élőhely elvesztése és romlása: Az elsődleges tényező az emberi tevékenységek (városfejlesztés, mezőgazdaság, erdőgazdálkodás) okozta természeti élőhely elvesztése. A kondor az öreg erdősökhöz és sziklás szakadékokhoz kötődik fészkelésre és pihenésre. Az emberi aktivitások ezeknek töredezettségét és csökkenését okozták.
2. Vadászat és lövöldözés: Múltban tollukért vadásszák őket, és háziállatok fenyegetéseként tekintettek rájuk. Ez a közvetlen üldözés hozzájárult a populáció csökkenéséhez. Bár a kondor vadászata ma tiltott, néhány egyed még mindig illegális lövöldözés fenyegetésének kitéve.
3. Ólom mérgezés: Az ólommérgezés a kaliforniai kondorok halálozásának jelentős oka. Az ólom bekerülhet a kondor testeibe, ha ólom lövedékek töredékeit nyelik el vadászat vagy célsáblázás után. Az ólommergézés az idegrendszert és a životfontosságú szerveket károsítja, halálhoz vezetve.
4. Szaporodási nehézségek: A kaliforniai kondor lassan szaporodó faj. Általában 6 éves koruk előtt nem tenyésztenek, és évente körülbelül egy fiókát nevelnek ki. Ez a lassú szaporodási ráta sebezhetővé teszi a populációt a zavarásokkal szemben.
5. Inbreeding és genetikai problémák: A kis populáció mérete miatt a fennmaradó kondorok nagy mértékben kitévesek az inbreedingnek. Ez a genetikai diverzitás csökkenéséhez és a betegekhez és más kihívásokhoz való sebezhetőség növekedéséhez vezet.
A természettvédelmi programok (tenyésztési programok, élőhelyvédelem, ólom lövedékek eltávolítása vadászati területről) haltmolytul segítenek a populáció helyreállításában, de a fennmaradásuk a folyamatos erőfeszítésektől és az élőhelyük védelmétől függ.