Az alligatorok élőhelye fajonként változik:
- Amerikai alligator: Édesvizi mocsarak, folyók, tavak, lápretek az USA déli-keleti részén.
- Kínai alligator: Édesvizi élőhelyek Kelet-Kínában, különösen a Jangciki-gy medenceben.
- Fekete kaimán: Édesvizi mocsarak, folyók, tavak Dél-Amerikában.
- Amerikai krokodil: Partmocsarak, folyók, öblök Észak-, Közép- és Dél-Amerikában.
- Tengeri krokodil: Partmenti élőhelyek, öblök, mangróvak, brakvíz Délkelet-Ázsiában és Észak-Ausztráliában.
Az alligatorok mély, növényzetes vizeket preferálnak, és a folyó- vagy tavi partokon építenek fészeket. Félvízi állatok, és a szárazon is napoznak.