Szennyezés: A szennyezés, beleértve az olajszennyezéseket, a szennyvízből, csapadékvízből és a mezőgazdasági lefolyásból származó kibocsátásokat, elfojthatja a korallzátonyokat, elzárva a napfényt és megakadályozva a korallok növekedését. A vegyszerek megmérgezhetik a tengeri élőlényeket, és negatív hatással lehetnek a korallok növekedésére és a halak szaporodási sikerére. A mezőgazdaságban használt műtrágyák és peszticidek elfolyása algavirágzáshoz vezethet, amely elfojtja a korallzátonyokat, és felborítja a tápláléklánc ökoszisztémáját.
Klímaváltozás: A globális felmelegedés következtében megemelkedő óceáni hőmérséklet kifehérítheti és elpusztíthatja a korallokat, az extrém időjárási események, például hurrikánok és tájfunok pedig elpusztíthatják a korallzátonyokat. A savasodás, amely az óceán pH-szintjének csökkenése a szén-dioxid felszívódása miatt, szintén veszélyt jelent a korallzátonyokra. Az óceán elsavasodása megnehezíti a korallok csontvázának felépítését és karbantartását, ami a korallzátonyok összeomlásához vezethet.
Túlhalászás megzavarhatja a táplálékláncot, és csökkentheti a növényevők populációját irányító ragadozók számát. Ez a növényevők számának növekedéséhez vezethet, ami a korallok legeltetésével károsíthatja a zátonyokat. A túlhalászás a békahalak táplálékforrásként való közvetlen befogásához is vezethet.
Mellékfogás: A békahalak akaratlanul is bekerülhetnek a halászhálókba és vonóhálókba, ami a halálukhoz vezethet.
Turizmus: Az ellenőrizetlen turizmus a korallzátonyok taposásához és a békahal élőhelyének pusztulásához vezethet. A búvárok és a sznorkelezők horgonyt is vethetnek a korallzátonyokra, ami károsíthatja azokat.