A knysnai tengeri nyúl a következők miatt veszélyeztetett:
- Túlfogás: mellékfogásként kerülnek a hálóba, faj-specifikus szabályozás nélkül.
- Élőhely degradáció: partfejlesztés, szennyezés, mangróv-átalakítás elpusztítja a szaporodási tereket.
- Lassú szaporodás: a hímok hordozzák a tojásokat, és a zavarás ezen a szakaszon csökkenti a sikert.
- Akvarium kereskedelem: fenntarthatatlan gyűjtés meríti a vadon élő populációkat.
- Klíma változás: az océán melegedése és savasodása hatással van az élőhelyekre és prédákra.
- Korlátozott elterjedés: kis terjeszkedés Dél-Afrika déli partján, növelve a sebezhetőséget.