Korlátozott elterjedés és kis populáció
A galápagosi pingvinek endemikusak a Galápagos-szigeteken, földrajzilag elszigetelve, az archipelág egyedi ökoszisztémájától függnek. Populációjuk viszonylag kicsi, becsült 1200–2000 egyed. Ez a kicsi méret sebezhetővé teszi a fenyegetésekkel és környezeti változásokkal szemben.
Élőhely-elvesztés és -degradáció
A növekvő emberi jelenlét az ökoturizmus miatt élőhely-elvesztést és -degradációt okoz. Turisztikai létesítmények, bejövetel fajok, szennyezés, emberi tevékenységek zavarása negatívan hat a fészekelő és táplálékkereső helyekre.
Éghajlatváltozás
A Galápagos-szigetek rendkívül sebezhetők az éghajlatváltozásnak: emelkedő tengerszint, óceánáramlatok változásai, extrém időjárás-események növekedése. Ezek megzavarják a tengeri ökoszisztémát, az ételerőforrásokat (halak, krill), és közvetlenül stresszelhetik a pingvineket, csökkentve a szaporodási sikert.
Túlhalászat és verseny
A kis pelagikus halak túlhalászata, a galápagosi pingvinek elsődleges élelme, csökkenti az ételrendelkezésre állást. Verseny más tengeri ragadókkal – tengerszilókkal, nagyobb halakkal – tovább korlátozza a táplálékhoz való hozzáférést.
Betegségek és paraziták
A galápagosi pingvinek sebezhetők betegségekre és parazitákra, beleértve a madárpókszírványt, a madármaláriát, és a bélparazitákat. Ezek gyorsan terjedhetnek, magas elhullást okozva, különösen a fiókáknál és ifjaknál.
Ragadozás
Bejövetel nem őshonos ragadókat, mint macskák, patkányok, kutyák, predálják a pingvin tojásait, fiókáit, sőt felnőtteket is, hozzájárulva a populációcsökkenéshez.