Egy egészséges akváriumban nem szabad mérhető ammóniát találni. Egy újonnan beállított akváriumban az ammónia jelenléte azt jelzi, hogy a medence még nem "bevált" (nem fejeződött be a nitrogén-ciklus). Egy kifejlett akváriumban ammónia fordulhat elő, ha a bioterhelés (az élőlények mennyisége) túl nagy, a mechanikus szűrés hibás vagy igényel takarítást, vagy ha a szűrőanyag vagy a alváz (gravel vagy homok) nagy részét nemrég cserélték ki.
Beváltatás (Ciklus)
A beváltatás azt jelenti, hogy a haszonos baktériumok felhalmozódnak az alvázban, a növények vagy kövekön, valamint a szűrőanyagban. Ezek a baktériumok alkotják az akvárium biológiai szűrőjét, ami az ammóniát kevésbé káros nitritekbe és nitrátokba alakítja. Általában a beváltatás úgy történik, hogy a medencét halak nélkül hagytatják futni két hétig vagy tovább, de a folyamat felgyorsítható, ha egy egészséges, kifejlett medenceből víz, alváz vagy szűrőanyag kerül az új medencébe.
Ammónia
Az ammónia a halak hulladékából és a nem megevett, rozsdásodó élelmiszerek vagy növényekből keletkezik. Az ammónia rendkívül mérgező a halak számára. A medence megfelelő biológiai és mechanikus szűréssel, a bioterheléshez igazítva, gyorsan alakítja az ammóniát kevésbé káros nitritekbe és nitrátokba. Bármelyik állatboltban, ahol akvárium-szak van, kapható ammónia tesztcsomagok.
Nitritek
Az ammóniát a medence alvázában és szűrőanyagában élő haszonos baktériumok nitritekké alakítják. Egy magas nitrit-tartalmú medencénél több szűrésre lehet szükség, legyen az mechanikus vagy biológiai. Vagy kevesebbet kell etetni a halakat.
Nitrátok
Az ammónia-nitrát ciklus harmadik lépésében a baktériumok a nitriteket nitrátokká alakítják, amelyek kevésbé károsak, mint az ammónia vagy a nitritek. A nitrátok a rendszeres vízcserék során eltávolíthatók a vízből. A növények és az algák a nitrátokat táplálékként használják.
Vízecsere
Még egy egészséges medencében is havonta kb. 15%-ot kell cserélni a víztérfogatból, hogy eltávolítsuk a felesleges nitrátokat és nitriteket. Ha a medence túlnitrátos, túlnitritos vagy bármennyi ammóniát tartalmaz, többet is cserehetünk. De egyszerre nem szabad több mint 30%-ot cserélni, hacsak a medence nem "összeomlik" (a halak hasra fordulnak).
Új Medence Szindróma
Az "új medence szindróma" akkor jelentkezik, ha valami, ami rengeteg haszonos baktériumot tartalmaz – például az akvárium alvázza vagy a mechanikus szűrő gubacsa – eltávolításra kerül vagy baktériummentes új anyaggal cserélik. Ennek következtében a nitrogén-ciklus elakad, és az ammónia nem alakul át megfelelően nitrátokká.