A harlekkin béka a neotropikus hegységi patakokban él. Alkalmas élőhely elemei:
- Hegyesi patakok: Gyors áramlás, hideg, tiszta víz, köves aljzat.
- Vízminőség: Tisztításmentes, enyhén savas pH 6,5–7,0.
- Parti vegetáció: A part menti növények búvóhelyet, napozó helyet, változatos mikrohabitatot adnak.
- Levélhulladék: Kamuflázs, menedék, tápanyagforrás.
- Köves aljzat: Fontos a tojásletételhez, oxigén áramláshoz, ragadozók elől való védelemhez.
- Elég zsákmány: Rovarak, pókok, kis rendesrákok egészséges állománya.
- Zavartalanulás: Védelm a szennyezés, üledék, invázív fajok ellen.