Az emberi tevékenységek a manátihalak halálozásának elsődleges oka. Ezek beleértik a közvetlen vadászatot, a véletlen behálózódást halászati felszerelésben, a hajók és tengelyek ütközéseit, az élőhelyek elvesztését és rombolását a partfejlesztéssel, valamint a vízkontaminációt pesticidokkal, műtrágyákkal, olajjal és szennyvízzel. A klímaváltozás is hatással van a manátihalakra, megzavarva az élelmiszer-ellátást és növelve a betegekenyességet.