A zooplankton nem veszélyeztetett egészként. Egy diverz kis vízi állatok gyűjteményét alkotják, sok élőhelyben előfordulnak. Egyedi fajok tapasztalhatnak lokális csökkenést szennyezés vagy élőhely-elvesztés miatt, de ezek lokális problémák, nem érintik az összes zooplankton populációt.