A pleisztocén korszak szintén megafauna vagy óriási állatok ideje volt. Ezen állatok közül a legnagyobb a Mastodon volt, a modern elefánt hatalmas rokona, amely elérheti a 13 láb magasságot és akár 8 tonnát is képes. Más megafauna, amely akkoriban Kentucky-ban élt, a mamut, az óriás bölény, a rövid arcú medve és a szörnyű farkas.
A pleisztocén korszak végén a felmelegedés éghajlatával ezek az állatok fokozatosan kihaltak. Az utolsó mastodonok körülbelül 11 000 évvel ezelőtt eltűntek Észak -Amerikából, míg az utolsó mamutok körülbelül 10 000 évvel ezelőtt haltak meg.
Manapság Kentucky sokféle növényt és állatot ad otthont, amelyek jobban alkalmazkodnak az állam jelenlegi éghajlatához. Az erdőket tölgy, juhar és hickory fák uralják, míg a gyepek sokféle fűnek, vadvirágnak és cserjnek adnak otthont. A tundra eltűnt Kentucky-tól, de az államnak továbbra is sokféle állatoknak ad otthont, amelyek hidegebb éghajlaton találhatók, mint például a Snowshoe Hare, a Red Fox és a fehérfarkú szarvasok.