Bár az állati alkalmazkodás elengedhetetlen a túléléshez, hátrányokat is hordozhat:
Korlátozott élőhely-terület: A specializált alkalmazkodások gyakran kötik az állatot egy konkrét ökoszisztémához, megnehezítve a túlélést, ha a viszonyok változnak vagy az állat elkerül.
Ragadozás és védelem kompromisszumai: Néhány alkalmazkodás, mint a párosodási színezés, láthatóbbá teheti az állatokat a ragadozók szemében.
Erőforrás-verseny: Hasonló alkalmazkodásokkal rendelkező állatok intenzíven versenyezhetnek az étel, menedék és párért, potenciálisan korlátozva a populáció növekedését.
Alkalmazkodóképesség vesztése: A magas specializáltságú fajok nehezen fejleszthetnek új tulajdonságokat drasztikus környezetváltozás esetén.
Környezetváltozás sebezhetősége: Téli alvás vagy vándorlás viselkedés károssá válhat, ha az éghajlat gyorsan változik emberi vagy természeti okokból.
Alkalmazkodás költsége: Elaborált bemutatók vagy struktúrák jelentős energiát igényelnek, ami csökkentheti az élettartamot vagy hatással lehet a szülői gondoskodásra.
Paraziták és betegségek: Bizonyos védelmi alkalmazkodások véletlenül sebezhetőbbé tehetik az állatokat specifikus paraziták vagy betegségek iránt.
Ezek a hátrányok ellenére az alkalmazkodás előnyei általában felülmúlják a hátrányokat stabil környezetben.