A kojotok csúcsragadozók, nagyon kevés természeti ellenségük van, de bizonyos állatok prédálhatnak rájuk, különösen a fiatal vagy gyenge egyedekre:
Kojotok ragadozói
- Nagyobb kutyafélék: Farkasok vadásznak kojotokra, ahol az elterjedésük átfedésben van.
- Medvék: Fekete medvék és grizzly medvék megölhetik és megehetik a kojotokat, főleg a kölyköket.
- Hegyi oroszlánok (mountain lions): Előfordulhat, hogy vadásznak kojotokra az átfedő területeken.
- Nagy ragadozómadarak: Aranysasok és nagy fülles bagolyok képesek legyengébb vagy fiatal kojotokat legyőzni.
- Más kojotok: Kojotok néha megölik és megeszik egymást éhínség vagy területi viták idején.
Egyéb tényezők a kojot-populációra hatással
Gyakrabban az emberi tevékenység hat rájuk (élőhely elvesztése, gépjármű-ütközések, vadászat), betegek (parvovírus, veszelés, morbus), és a verseny a vadmacskákkal, rókákkal és házi kutyákkal.
Bár van néhány ragadozójuk, a kojotok rendkívül alkalmazkodóképesek és ellenállóképesek, virágozva különböző környezetekben és az emberi jelenlét mellett is.