A gombahalaknak nincs specifikus védelmi eszközük. A mélytenger extrém környezetére alkalmazkodva túlélnek, beleértve a nagy nyomást és a hideg hőmérsékletet. A želatinos testük és alacsony sűrűségük segít kiállni a nyomást és fenntartani az úszóképességet. Ugyanakkor sebezhetők a mélytengeres halászat és hasonló tevékenységek miatt, amelyek a populációjuk csökkenéséhez vezethetnek.