A kacsacsőrű tudományos neve Ornithorhynchus anatinus. A nemnév, Ornithorhynchus, a görög ornis (madár) és rhynchos (csőr) szóból származik, utalva a kacsacsőrű egyedi kacsacsőrére. A fajnév, anatinus, a latin anas (kacsa)ból jön, újra a kacsához hasonlóságra utalva.
Ezért a kacsacsőrű az Ornithorhynchidae családba tartozik a tudományos nevének alapján. Az Ornithorhynchidae család az egyetlen fennmaradt család a Monotremata (szájúak) rendben, így a kacsacsőrű szájú a hosszú orrú (Zaglossus) és a rövid orrú (Tachyglossus) csúszóéggel együtt.