A kacsacsőrű madár tudományos neve Ornithorhynchus anatinus. A nemzetség neve, az Ornithorhynchus, a görög ὀρνις (ornis) szavakból származik, amelyek jelentése „madár”, és ῥύγχος (rhynchos), azaz „csőr”, utalva a kacsacsőrű egyedülálló kacsaszerű csőrére. A fajnév, az anatinus, a latin anas szóból származik, amely "kacsa"-t jelent, ami ismét a kacsacsőrű kacsához való hasonlóságára utal.
Ezért a kacsacsőrűt tudományos neve alapján az Ornithorhynchidae családba sorolják. Az Ornithorhynchidae család a Monotremata emlősök rendjének egyetlen fennmaradt családja, amely a hosszúcsőrű echidna (Zaglossus) és a rövidcsőrű echidna (Tachyglossus) mellett a kacsacsőrű echidnát is egyszínűvé teszi.