A mai állatkipusztulások szám egy oka az élőhely-megsemmisítés. Ez az erdőkirtás, urbanizáció és klímaváltozásból eredhet. Amikor egy állat élőhelye elpusztul, elveszíti az ételhez és menedékhez való hozzáférést, és sebezhetőbbé válik a ragadozók szempontjából.
Az élőhely-megsemmisítés a biodiverzitás legnagyobb fenyegetése, és becslések szerint felelős a múlt századi állatkipusztulások 90%-ánál többéért.