A gyapjas pókmajom veszélyeztetett állapotának fő oka az élőhely elvesztése. A gyapjas pókmajom élőhelyét számos célból megtisztítják, beleértve a fakitermelést, a mezőgazdaságot és az emberi letelepedést. Emiatt a gyapjas pókmajom elveszíti élőhelyét, valamint azt a képességét, hogy élelmet és menedéket találjon.
Vadászat és orvvadászat
A gyapjas pókmajmokat húsuk és szőrük miatt is vadászják. Ez nagy veszélyt jelent a túlélésükre, mivel csökkenti a populáció méretét és megakadályozza a fajok szaporodását.
Klímaváltozás
Az éghajlatváltozás a gyapjas pókmajomra is veszélyt jelent. Az éghajlat változásával a gyapjas pókmajom élőhelye egyre kevésbé alkalmas a túlélésre. Emiatt a gyapjas pókmajom új területekre költözik, ahol nem biztos, hogy olyan jól alkalmazkodott, és ahol új fenyegetésekkel nézhet szembe.