Erdőirtás és élőhely-elvesztés
A gyapjú pókmajom veszélyeztetettsége fő oka az élőhely-elvesztés. Az élőhelyét különböző célokra irtják ki: fakitermelés, mezőgazdaság, emberi települések. Ez eltávolítja az étel és menedék forrásait.
Vadászat és furtolás
A gyapjú pókmajomokat húsuk és szőrükért is vadászák. Ez jelentős fenyegetés a túlélésre, csökkenti a populációt és megakadályozza a szaporodást.
Klímaváltozás
A klímaváltozás is fenyegetés. Az élőhelyük kevésbé alkalmassá válik, kényszerítve őket új területekre, ahol kevésbé alkalmazkodtak, és új fenyegetésekkel találkoznak.