A fennec rókák elsődleges veszélye élőhelyük elvesztése. A fennec rókák Észak-Afrikában és a Közel-Keleten élnek, ahol élőhelyüket gyorsan elpusztítják az emberi tevékenységek, például a mezőgazdaság, az urbanizáció és a bányászat. Élőhelyük elpusztulásával a fenekrókák egyre kisebb területekre kényszerülnek beköltözni, ami sebezhetőbbé teszi őket a ragadozókkal és a betegségekkel szemben.
Vadászat és csapdázás
Fennec rókákat is vadásznak és csapdába ejtenek szőrük miatt. Szőrüket ruházati cikkek és egyéb termékek készítésére használják. Egyes területeken a feneki rókára sportolás céljából is vadásznak.
Klímaváltozás
Az éghajlatváltozás komoly veszélyt jelent a fenekrókákra is. Az éghajlatváltozás hatására a Szahara-sivatag terjeszkedik, ami csökkenti a rókák számára elérhető élőhely mennyiségét. Az éghajlatváltozás gyakoribb és súlyosabb aszályokat is okoz, ami megnehezítheti a fenec rókák számára, hogy táplálékot és vizet találjanak.