A chileni flamingók fő fenyegetései:
Élőhely elvesztése: Emberi tevékenységek, mint a bányászat, mezőgazdaság és városfejlesztés fenyegeti az élőhelyüket.
Vadászat: Húsuk, tolluk és tojásuk miatt vadásszák őket.
Szennyezés: A bányászat, mezőgazdaság és emberi hulladék szennyezése veszélyezteti őket.
Klímaváltozás: A felmelegedő klíma megváltoztatja az élőhelyüket, kevésbé alkalmassá téve a túlélésre.
A chileni flamingó sebezhető faj, csökkenő populációval. Beavatkozás nélkül a jövőben kifogyhat.